公积金贷款第二天补扣是否算逾期，得视具体情况而定：

1.如果是因为客户自己没有及时充钱进还款银行卡里，错过了系统扣款时间，导致贷款在还款日还款失败，等到第二天银行系统才补扣上的话，此种情况自然算逾期。要知道，银行并不针对贷款提供还款宽限期，而逾期情况将会被银行系统上报至央行征信，在个人征信报告里留下不良记录，个人信用会因此受损。

2.如果客户早就及时充钱进了还款银行卡，卡里资金充足，并非因个人原因导致还款日还款失败，是银行系统问题才至于第二天才补扣上的话，针对此种情况，客户可以联系银行进行申诉，让其不要上报央行征信，在个人征信报告里记录下逾期不良信息。

而大家平时一定要多留意卡片资金动向和卡片状态，好保证银行能在还款日正常完成扣款，尽量避免出现逾期情况。